Řekl bych že je to normální chování. Pokud budete kreslit výkres závitového spoje, taky se budou díly překrývat. Myslím že v Kontrole přesahů je k zatržení možnost Vytvořit složku pro šrouby, tím by se měly přesahy závitů zobrazit zvlášť (http://help.solidworks.com/2011/czech/Solidworks/sldworks/AllContent/SolidWorks/Core/Assemblies/c_Interference_Detection_with_Fasteners.htm).Nemám to vyzkoušené.
Vnější závit, jinak než kosmetický, nevytvoříte.